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公開度について
0 ☆☆☆ 非公開・商用。 1 ★☆☆ 使用には事前相談が必要。2 ★★☆ バイナリファイルを配布。3 ★★★ オープンソースコードを配布。

ドキュメントの充実度について
★0-3でドキュメントの充実度を表しています(充実度の詳細はこちらに記載してあります)。

C-Tools
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app]   密度汎関数理論に基づく第一原理計算アプリケーション(DFTコード)の入力ファイル作成の補助ツール。系の原子構造を3次元コンピュータグラフィックス(3DCG)によって視覚的に確認しながら、基本的な計算パラメータをグラフィカルユーザーインタ...
OpenDX
公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 3 ★★★ オープンソースの可視化アプリケーション・パッケージ。X window system を用いたGUI アプリとして提供されている。GUI によるカメラの操作だけでなく、描画パラメータの変更や、アニメーションの作成・再生も可能。CDF やNetCDF ...
VESTA
公開度 : 2 ★★☆ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ Windows, Linux, Mac OS Xで動作する結晶構造ならびにグリッドデータの可視化ソフト。30通りの構造データフォーマット、17通りの3次元グリッドデータフォーマットの入力に対応すると共に、13通りの構造データフォーマット、6通りのグリッドデー...
MateriApps LIVE!
公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 3 ★★★ OS、エディタ、計算物質科学アプリケーション、可視化ツールなどをおさめた Debian Live Linux システム。物質科学シミュレーションに必要な環境がひとつのパッケージとして提供されている。仮想マシン VirtualBox ...
Rasmol
公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ Protein Data Bank (PDB)フォーマット用のシンプルなオープンソースの蛋白質可視化アプリケーション。Sybyl, Molden, Mopac, ...
GaussView
公開度 : 0 ☆☆☆ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 有名な量子化学計算ソフトであるGaussianシリーズの純正可視化アプリケーション。有償・ソース非公開だが、分子モデルの構築、パラメータの設定、ジョブの管理、計算結果の表示など、多岐にわたる機能を有する。Gaussianの入力ファイル作成と各種出力ファイルを...
ChemBio3D/Chem3D
公開度 : 0 ☆☆☆ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 有償の分子モデリング、可視化アプリケーション。定番の分子構造エディタであるChemDrawが同梱されており、化学構造式からのモデリングも可能。分子力学計算による構造最適化・分子動力学の機能の他、MOPAC, Jaguar, GAMESS, ...
Harlem
公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 分子・生体高分子のモデリング・可視化のためのオープンソース多機能アプリケーション。マルチスケールの分子シュミレーション用に開発され、AMBERやGaussian等の簡易GUI機能も持つ。蛋白質の残基の入れ替え機能や蛋白質電子移動のPathwaysモデルのコー...
Winmostar
公開度: 2 ★★☆ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 国産の分子モデリング用アプリケーション。分子表示ウインドウ上で分子に対して原子および置換基の追加・変更・移動・削除を行うことができる。内蔵されている量子化学計算プログラムにより、構造最適化や紫外・可視吸収スペクトルの計算を行えるほか、MOPAC, ...
XCRYSDEN
公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ UNIX系プラットフォームで動作する結晶構造ならびにグリッドデータの可視化のためのオープンソースアプリケーション。GAUSSIAN, CRYSTAL, Quantum Espresso(PWscf), WIEN2k, ...
VMD
公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ タンパク質、核酸、脂質二重層などの生体系のモデリング、可視化、解析のためのソフトウェア。Protein Data Bank ...
VisBAR
公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 大規模電子状態計算の後処理データ解析を目的としたPythonスクリプト集。現在公開されているのは「VisBAR Wave Batch」で、多数の波動関数を同時に可視化(等値面表示)できる。Gaussian ...
DISCUS
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★ 結晶構造から回折パターンや2体相関分布関数を評価するオープンソースアプリケーション。非一様な物質の数値計算に重点が置かれており、結晶中に欠陥を生成・分布させるための多くのツールを提供する。ナノ粒子のシミュレーションも可能。
wxMacMolPlt
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   GAMESSの入出力用に開発されたオープンソースの可視化アプリケーション。GAMESS形式以外にXYZ、MolDen、pdb、CML形式のファイルを読み込め、GUIやZ-Matrix形式による座標の指定も可能である。分子軌道、電子密度、静電ポテンシャル、基準振動...
FieldView
公開度:0 ☆☆☆ ドキュメント充実度:2 ★★☆   流体解析などの結果の可視化を行う商用のアプリケーション。大規模かつ非定常なデータを取り扱うことができ、多様なソルバー・メッシュタイプの選択が可能。スカラー場・ベクトル場の評価に必要な多くの機能を搭載し、スクリプトを用いた自動評価・カスタマイズ、複数データセット同...
FermiSurfer
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆    フェルミ面の可視化を行うアプリケーション。最小限の入力データからFermi面の描画およびFermi面上での任意のスカラー量(Fermi速度の絶対値や超伝導ギャップ等)のカラープロットを行う。簡単なGUIを備えており、裸眼立体視画像やノーダルライン等の表示/非表...
QTWARE
公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 2 ★★☆ 第一原理計算ソフト(OpenMX, TranSIESTA)の出力ファイルからゼーベック係数やペルチェ係数などの熱電物性を計算するアプリ。計算結果を可視化することができるほか、電子密度や状態密度などの可視化も可能。
kmos
公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 2 ★★☆ 格子動的モンテカルロ法に対応したモデルを指定し、実行するためのアプリケーション。不均一触媒のシミュレーション向けに開発されている。Pythonに対応したAPIを介して利用する。簡易なGUIも同梱する。
MateriApps Installer
公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 1 ★☆☆ オープンソースの計算物質科学アプリケーションやツール類を、macOSをはじめ、Linux PCやクラスタワークステーション、さらには国内の主要なスパコンシステムにインストールするためのシェルスクリプト集。東大物性研の全国共同利用スパコンでも、MateriApps...
Molden
公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 量子化学計算の前処理/後処理のためのオープンソースアプリケーション。GAUSSIAN, GAMESS, MOPACの結果だけではなく、Molden形式で保存された他のアプリケーションで得られた結果も処理できる。Postscript, XWindows, ...
PHASE
公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 3 ★★★ 密度汎関数理論に則った平面波基底・擬ポテンシャル法電子状態計算プログラム。未知の物質に対する様々な物性予測のほか、STM像、EELSなどの実験測定を再現することが可能。表面・界面などの長時間の第一原理分子動力学法計算や反応経路解析も行える。ソースコードが公開...
POV-Ray
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★   レイトレーシングを利用した立体感のある可視化を行うアプリケーション。球、立方体など任意の物体の位置と形状が可視化でき、流体計算などで得られる格子上のデータから立体的な可視化をボリュームレンダリングによって行うこともできる。マクロ関数を用いた簡便な3次元立体シミュ...
Zindaiji3
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★   大規模粒子シミュレーションのオープンソース可視化アプリケーション。重力多体計算などで出力される2千万〜3千万体程度の大規模な粒子情報を可視化でき、アニメーション作成に関する機能を多く備えている。OpenGLを用いた高速表示を行い、グラフィカルユーザーインターフェ...
TAPIOCA
公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ [pickup app] 第一原理計算アプリケーションxTAPPの入力支援・可視化を行うツール。グラフィカルユーザーインターフェース(GUI)を利用して、xTAPPの入力ファイルを作成でき、出力ファイルから波動関数・電子密度・ポテンシャルなどを3次元的に可視...
PyMOL
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★   生体高分子の可視化を行うアプリケーション。独自のコマンドラインとグラフィカルユーザーインターフェース、600種以上の設定項目、20種以上の表現方法を備え、高分子の可視化を直感的に行うことができる。PDB, ...
ArgusLab
公開度:2 ★★☆ ドキュメント充実度:2 ★★☆ 量子化学計算のための分子モデリング・可視化アプリケーション。分子構造の作成と簡単な汎用力場による分子動力学計算や構造最適化や、Gaussian等の入力ファイルの作成・可視化等の機能がある。Windows ...
cdview
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   多粒子系の可視化を行うオープンソースアプリケーション。分子動力学計算で得られた粒子配置やポテンシャルエネルギーなどの3次元スカラー量の情報を、グラフィカルユーザーインターフェイス(GUI)やコマンドラインによる操作で比較的容易に可視化することができる。多様な粒子...
EnSight
公開度:0 ☆☆☆ ドキュメント充実度:2 ★★☆   多様な科学技術計算ソルバーの出力に対応した商用の汎用可視化アプリケーション。ANSYSを始めとする流体解析・構造解析・粉体解析・鋳造解析などのアプリケーションの結果の可視化を行う。大規模データの取り扱いが可能であり、フリップブックアニメーション、断面・等値面の移...
Facio
公開度:2 ★★☆ ドキュメント充実度:2 ★★☆   分子モデリング・可視化のためのアプリケーション。TINKER, MSMS, Firefly, GAMESS, MOPAC, ...
Molekel
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   分子モデリング・可視化のためのオープンソースアプリケーション。Gaussian、GAMESS、ADF、Molden形式に対応しており、分子表面の可視化に、軌道、電子密度、溶媒接触表面、ファンデアワールス半径といった多様な描画形式がある。高速、高品質なレンダリング...