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公開度について
0 ☆☆☆ 非公開・商用。 1 ★☆☆ 使用には事前相談が必要。2 ★★☆ バイナリファイルを配布。3 ★★★ オープンソースコードを配布。

ドキュメントの充実度について
★0-3でドキュメントの充実度を表しています(充実度の詳細はこちらに記載してあります)。

MateriApps LIVE!
公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 3 ★★★ OS、エディタ、計算物質科学アプリケーション、可視化ツールなどをおさめた Debian Live Linux システム。物質科学シミュレーションに必要な環境がひとつのパッケージとして提供されている。仮想マシン VirtualBox ...
MARBLE
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ タンパク質や核酸などの生体高分子シミュレーションを行うオープンソースの分子動力学アプリケーション。ハイブリッド並列化とともに精度の高いエネルギー保存を実現しており、Particle Mesh ...
GISP
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ 分子動力学計算を学ぶための教育支援アプリケーション。Gromacs用のユーザーインターフェースとなっており、GUIから計算したいPDBファイルを選択する事でコマンドラインの入力無しに溶媒と溶媒中のタンパク質の計算を行う事が可能。
PIMD
公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 3 ★★★ 分子シミュレーションのためのオープンソースアプリケーション。古典・第一原理分子動力学法、経路積分法、レプリカ交換法、メタダイナミクス法、ストリング法、サーフェスホッピング法、QM/MM法など多様な手法をサポートする。分子構造(レプリカ)と力場(断熱ポテンシャル)...
CP2K
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★ 擬ポテンシャル法および全電子計算法に対応したオープンソースの第一原理計算ライブラリ。基底としては、ガウス基底、平面波基底、およびそれらの混合基底を用いることができ、大規模並列計算および線形スケーリングに重きをおいた開発が進められている。密度汎関数法やハートリー・フォ...
EVO
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:1 ★☆☆ 進化的アルゴリズムに基づく構造予測を行うアプリケーション。ユニットセル内の原子数・種類をインプットとし、安定な構造・組成を第一原理計算・分子動力学の計算と進化的アルゴリズムによって予測する。Pythonで書かれており、Quantum ...
ChemBio3D/Chem3D
公開度 : 0 ☆☆☆ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 有償の分子モデリング、可視化アプリケーション。定番の分子構造エディタであるChemDrawが同梱されており、化学構造式からのモデリングも可能。分子力学計算による構造最適化・分子動力学の機能の他、MOPAC, Jaguar, GAMESS, ...
Harlem
公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 分子・生体高分子のモデリング・可視化のためのオープンソース多機能アプリケーション。マルチスケールの分子シュミレーション用に開発され、AMBERやGaussian等の簡易GUI機能も持つ。蛋白質の残基の入れ替え機能や蛋白質電子移動のPathwaysモデルのコー...
NWChem
公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 励起状態や時間発展に重点が置かれたオープンソースの汎用量子化学計算アプリケーション。時間依存密度汎関数法による励起状態計算や、QM/MM法による計算が行える。超並列計算に対応しており、数万プロセス程度の並列計算を効率よく実行できる。相対論効果の取り扱いやガウ...
ELSES
公開度 : 1 ★☆☆ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 強束縛近似に基づいた電子状態計算ならびに分子動力学計算を行うアプリケーション。クリロフ部分空間法などの手法により、多くの原子を含む大規模な物理系に対してオーダーN電子状態計算を行う。MPI/openMPハイブリッド並列により超並列計算が可能で、京コンピュータ...
GULP
公開度 : 0 ☆☆☆ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 分子、表面、固体などの様々な境界条件に対応した格子動力学計算アプリケーション。分子動力学法も使用できるものの、格子ダイナミクスを用いた解析計算に重点が置かれている。イオン物質、有機物、金属などで用いられる様々な力場を使用でき、多くの力場について2階、3階の解...
GASP
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ 遺伝的アルゴリズムに基づく構造予測を行うアプリケーション。結晶、分子、原子クラスターなどの安定な構造・組成を、第一原理計算や分子動力学を用いて予測する。VASP、LAMMPS、MOPAC、GULP、JDFTxなどの様々なコードとのインターフェイスを持ち、並列化された...
NAP
公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 1 ★☆☆ 分子動力学法、量子・古典ハイブリッドシミュレーション、nudged elastic band法による化学反応経路探索、ポテンシャルパラメータフィッティングなどを行うアプリケーション群。分子動力学アプリケーションは種々の金属や半導体に対応した原子間ポテンシャル...
ERmod
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app]  ソフト分子集団系の自由エネルギーを計算するソフトウェア。分子動力学法とエネルギー表示溶液理論を組み合わせ、ソフト分子集団への物質結合の ...
feram
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app]  強誘電体を対象とした高速分子動力学シミュレーター。双極子相互作用を効率よく取り扱うことで、原子変位に関する分子動力学計算を高速に行うことができる。FeRAM(強誘電体ランダムアクセスメモリ)で重要となる数十nmの微細な強誘電性薄膜の物性を...
MDACP
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app]  Lennard-Jonesポテンシャルを持つ粒子用の並列分子動力学コード。C++で記述され、MPI+OpenMPを用いて空間分割により並列化されており、超高並列の環境下での実行が可能となっている。
MODYLAS
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:1 ★☆☆ [pickup app]  任意の分子集合体に対する汎用の大規模分子動力学計算プログラム。長距離力の取り扱いを含め、ナノ分野・バイオ分野における分子動力学計算に必要な各種手法を備える。高効率の並列計算が可能であり、超並列スパコンを用いて溶媒中のウイルス(約1000万...
RISM/3D-RISM
公開度:1 ★☆☆ ドキュメント充実度:1 ★☆☆   液体の統計力学理論に基づいた溶媒中の物質構造解析プログラム。溶質分子周りの溶媒の確率分布を求め、溶媒和自由エネルギーや圧縮率、部分モル容積などの種々の物理量を計算する。大規模並列計算に対応した高速フーリエ変換を実装し、他の手法では予測が難しいタンパク質の分子認識...
Amber
公開度:0 ☆☆☆ ドキュメント充実度:3 ★★★   AMBER分子力場を用いた分子動力学シミュレーションパッケージ。ペプチド、タンパク質、核酸、炭水化物、配位子等様々な物質のパラメーターセットを含み、生体高分子や細胞などの動力学シミュレーションが可能。入力準備、シミュレーション、結果解析のソフトウェアから構成され...
Gromacs
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★   生体分子向けにデザインされたオープンソースの分子動力学パッケージ。たんばく質、脂質、核酸などの生体高分子や溶液・界面系の動力学シュミレーションを行うことができる。温度圧力制御、長距離相互作用計算、自由エネルギー計算等を効率よく行うことができる。並列計算機向けにデ...
CHARMM
公開度:0 ☆☆☆ ドキュメント充実度:2 ★★☆  多くのツールを備えた汎用の分子動力学計算アプリケーション。元々はペプチドやタンパク質、核酸などの生体分子の動力学計算を目的として開発され、溶液、結晶、膜など様々な状況における分子動力学計算を行うことができる。サンプリング方法の変更や自由エネルギー評価が可能で、様々...
NAMD
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★ 高並列計算のために設計された生体分子のオープンソースの分子動力学アプリケーション。数100コア〜200,000コア程度の並列計算を効率よく行うことができる。計算のセットアップと軌道解析には、分子可視化ソフトVMDを使用する。AMBER、CHARMMなどの他の計算アプ...
LAMMPS
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★ オープンソースの汎用古典分子動力学アプリケーション。ソフトマター、固体、メソスコピック系などの多くの系で動力学計算を行うことができる。原子の動力学計算や一般的な粒子のシミュレーターとしても利用可能で、空間分割を用いた並行計算にも対応する。GPLライセンスを採用し、コ...
REM
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   MODYLAS、AMBER、CHARMMなどの既存の分子動力学シミュレーションソフトにレプリカ交換法の機能を付加するアプリケーション。オリジナルの分子動力学プログラムを変更することなく、容易にレプリカ交換法を実現することができる。京コンピュータで高い並列化性能を...
TINKER
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   オープンソースの分子動力学計算アプリケーション。生体高分子や溶媒などの多数の分子・原子からなる系の分子動力学シュミレーションを実行できる。多くの力場セット・アルゴリズムを実装しており、OpenMPによる並列計算にも対応。Javaによるグラフィカルユーザーインター...
GENESIS
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ 生体分子シミュレーションを行うオープンソースの分子動力学アプリケーション。京コンピュータを始めとした超高並列環境に対応しており、タンパク質や生体分子の分子動力学計算を高速で行う事ができる。全原子計算と粗視化モデル計算の両方に対応しており、レプリカ交換法などの拡張アン...
ArgusLab
公開度:2 ★★☆ ドキュメント充実度:2 ★★☆ 量子化学計算のための分子モデリング・可視化アプリケーション。分子構造の作成と簡単な汎用力場による分子動力学計算や構造最適化や、Gaussian等の入力ファイルの作成・可視化等の機能がある。Windows ...
myPresto
公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★   医薬品開発・構造生物学用のオープンソースアプリケーション。化合物データベース、蛋白質—薬物ドッキング、薬物スクリーニング、薬物の類似化合物探索、蛋白質の薬物結合サイト予測、分子エディター、溶解度などの物性予測、薬物分子合成容易性予測、マルチカノニカル統計などの熱...
OpenKIM
公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 3 ★★★ 分子シミュレーションのためのオープンソースツール群・データベース。分子動力学計算に用いられる分子間力モデル(分子間力ポテンシャルや力場)の情報を無償でダウンロードできるほか、計算結果のデータやテストツールなどもダウンロードできる。分子動力学プログラムと分子間力モ...