アプリ一覧 — 日本語
現在位置: ホーム アプリ一覧

アプリ一覧

公開度について
0 ☆☆☆ 非公開・商用。 1 ★☆☆ 使用には事前相談が必要。2 ★★☆ バイナリファイルを配布。3 ★★★ オープンソースコードを配布。

ドキュメントの充実度について
★0-3でドキュメントの充実度を表しています(充実度の詳細はこちらに記載してあります)。

TINKER

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   オープンソースの分子動力学計算アプリケーション。生体高分子や溶媒などの多数の分子・原子からなる系の分子動力学シュミレーションを実行できる。多くの力場セット・アルゴリズムを実装しており、OpenMPによる並列計算にも対応。Javaによるグラフィカルユーザーインターフェース(GUI)も付属している。

もっと読む

TITPACK

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   量子スピン系の物理量を厳密対角化法によって計算するフリーのプログラム群。Fortranによって書かれており、メインルーチンを書き換えることで簡単に多様な量子スピン系を取り扱うことができる。Lanczos法と逆反復法により固有エネルギー・固有関数が計算できるほか、相関関数の計算や一般の疎エルミート行列の取り扱いも可能。

もっと読む

TOMBO

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   全電子混合基底法を用いた第一原理計算のプログラム。孤立系、表面・界面、結晶などの広範な物理系を対象とし、芯電子から価電子までのすべての電子状態を計算する。GW法などの各種計算手法に対応しており、並列計算にも対応。時間依存密度汎関数理論にもとづく電子励起状態の分子動力学計算も高精度で実行できる。

もっと読む

TRIQS/CTHYB

公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 連続時間量子モンテカルロ法によるオープンソースの不純物問題ソルバー。高効率なモンテカルロアルゴリズムによって、不純物アンダーソン模型や動的平均場計算で現れる有効不純物模型の虚時間グリーン関数を高速で計算することができる。プログラム本体はC++によって記述されており、Pythonから呼び出すことができる。

もっと読む

TRIQS/DFT tools

公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 2 ★★☆ 密度汎関数法(DFT)による第一原理計算アプリと動的平均場法(DMFT)の計算アプリTRIQSの間を橋渡しするインターフェイスツール。Wien2kと組み合わせて自己無撞着なDFT+DMFT計算を行うことができるほか、他の第一原理パッケージで得られたバンド構造を利用してワンショットDFT+DMFT計算を行うことも可能。

もっと読む

TURBOMOLE

公開度:0 ☆☆☆ ドキュメント充実度:2 ★★☆   非経験的量子化学計算を行う有償のアプリケーション。RI近似の導入により電子状態計算が高速化されており、基底状態だけではなく励起状態をfull RPA、TDDFT、CIS(D)、CC2、ADC(2)など様々な精度の方法論により計算できる。赤外分光、可視・紫外分光、ラマン分光、円二色性スペクトルなどの分光データの評価が可能。

もっと読む

USPEX

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★   化学組成の情報から安定・準安定構造を予測するアプリケーション。VASP、GULP、siesta、Quantum Espresso、STM4、CP2kなどの第一原理計算アプリケーションを利用し、進化的アルゴリズムをはじめとする種々の手法による構造予測を行う。高圧下の結晶構造解析や、ナノ粒子、表面の構造予測に応用されている。

もっと読む

Vampire

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★ 原子レベルからマイクロメートルオーダーまで扱えるマイクロ磁気シミュレーションプログラム。スピンダイナミクスの計算や、モンテカルロ法による位相空間の探索ができる。反強磁性体や合金などの複雑な系を取り扱うことができるほか、オープンソース、オブジェクト指向という特徴を持ち、高速な並列計算が可能。

もっと読む

VASP

公開度:0 ☆☆☆ ドキュメント充実度:3 ★★★   PAW型擬ポテンシャル法を用いた第一原理計算パッケージ。広範な物理系に対して、密度汎関数理論に基づく電子状態計算を高速で行うことができる。有償であるが、世界的に多くのユーザーを有し、利用方法について詳しい情報が容易に入手できる。構造最適化・応答関数・化学反応など充実した機能を有する。

もっと読む

VASP TST tools

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   第一原理計算アプリケーションVASPに遷移状態計算機能を付加するパッチ・スクリプト群。化学反応素過程における反応経路や遷移状態の構造、エネルギー、反応速度を計算することができる。電荷を各原子に帰属させるBader解析プログラムも含まれている。

もっと読む

VASPsol

公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 2 ★★☆ 溶媒を連続体モデル(陰溶媒モデル)として取り扱った第一原理計算を行うためのアプリケーション。VASPへのパッチとして公開されている。分子動力学計算や、nudged elastic band法による溶媒中の反応障壁への計算に対応する。

もっと読む

VESTA

VESTA

公開度 : 2 ★★☆ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ Windows, Linux, Mac OS Xで動作する結晶構造ならびにグリッドデータの可視化ソフト。30通りの構造データフォーマット、17通りの3次元グリッドデータフォーマットの入力に対応すると共に、13通りの構造データフォーマット、6通りのグリッドデータフォーマットの出力に対応する。非商用の用途には無料でバイナリ配布されている。

もっと読む

VisBAR

公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 大規模電子状態計算の後処理データ解析を目的としたPythonスクリプト集。現在公開されているのは「VisBAR Wave Batch」で、多数の波動関数を同時に可視化(等値面表示)できる。Gaussian cube形式のグリッドデータファイルから、画像ファイル(PNG形式等)をバッチ生成する。MPI型並列処理にも対応。

もっと読む

VMD

公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ タンパク質、核酸、脂質二重層などの生体系のモデリング、可視化、解析のためのソフトウェア。Protein Data Bank (PDB)ファイルを読み込むことで生体分子の可視化を行う。分子の描画や色付けについての様々なオプションが提供されており、分子動力学シミュレーションの計算結果をアニメーションにすることも可能。

もっと読む

Wannier90

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★   第一原理計算アプリケーションの計算結果から最局在ワニエ関数(MLWF)を求めるプログラム。Quantum Espresso, abinit, SIESTA, FLEUR, Wien2k, VASPに対応している。MLWFを用いた電子伝導やベリー位相に関連する物性を評価することができる。GPLライセンスで公開されている。

もっと読む

WEST

公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 3 ★★★ Quantum ESPRESSOによるLDA/GGA/ハイブリッド汎関数による基底状態の計算の後処理として、ワンショットGW法に基づく励起スペクトル計算を行うプログラム。非占有バンドをあらわに含める必要のないアルゴリズムを用いており、計算量を大幅に削減している。また、スピン-軌道相互作用を考慮した計算やBlueGene/Q(mira)等のスパコンでの大規模並列計算にも対応している。インストール方法および入力ファイルフォーマットはQuantumESPRESSOに準ずる。

もっと読む

WIEN2k

公開度:0 ☆☆☆ ドキュメント充実度:3 ★★★   全電子計算手法を用いた第一原理計算ライブラリ。密度汎関数法に基づく電子状態計算により、固体のバンド計算、構造最適化、分子動力学などを行う。通常の擬ポテンシャル法を用いた計算に比べて計算精度が高く、内殻電子が絡む化学シフトなどの物理量を評価することが可能。開発元と契約を結ぶことにより、有償で利用することができる。

もっと読む

Winmostar

公開度: 2 ★★☆ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 国産の分子モデリング用アプリケーション。分子表示ウインドウ上で分子に対して原子および置換基の追加・変更・移動・削除を行うことができる。内蔵されている量子化学計算プログラムにより、構造最適化や紫外・可視吸収スペクトルの計算を行えるほか、MOPAC, Gaussian, GAMESS, NWChem, Gromacsで得られた結果のプリポスト処理を行える。

もっと読む

wxMacMolPlt

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   GAMESSの入出力用に開発されたオープンソースの可視化アプリケーション。GAMESS形式以外にXYZ、MolDen、pdb、CML形式のファイルを読み込め、GUIやZ-Matrix形式による座標の指定も可能である。分子軌道、電子密度、静電ポテンシャル、基準振動などの結果を描画でき、出力形式も多様である。

もっと読む

XCRYSDEN

公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ UNIX系プラットフォームで動作する結晶構造ならびにグリッドデータの可視化のためのオープンソースアプリケーション。GAUSSIAN, CRYSTAL, Quantum Espresso(PWscf), WIEN2k, FHI98MDなど、多くのソフトの出力ファイルに対応している。電子密度やポテンシャルなどの3次元データの可視化に加えて、フェルミ面の表示も行うことができる。

もっと読む