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PickUp!アプリ

"PickUp!" アプリの一覧です。 その他のアプリ一覧はサイドバーからみることができます。

公開度について

0 ☆☆☆ 非公開・商用。 1 ★☆☆ 使用には事前相談が必要。2 ★★☆ バイナリファイルを配布。3 ★★★ オープンソースコードを配布。

ドキュメントの充実度について
★0-3でドキュメントの充実度を表しています(充実度の詳細はこちらに記載してあります)。

AkaiKKR

AkaiKKR

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app]  グリーン関数法(KKR法)を用いた第一原理計算プログラムパッケージ。広範な物理系に対して密度汎関数法に基づく電子状態計算・バンド計算を行う。結晶などの周期系だけでなく、コヒーレントポテンシャル近似(CPA)を用いて不純物系や不規則置換合金、混晶といった不規則系の電子状態・磁性の計算を行うことが可能。

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ALPS

ALPS

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★ [pickup app] 磁性体や相互作用電子系などの強相関格子模型を取り扱う数値計算ライブラリ。モンテカルロ法、厳密対角化法、密度行列繰り込み群などの代表的な強相関系ソルバーが利用できる。相互作用スピン系の比熱・帯磁率や磁化過程、強相関電子系の状態密度計算などを行うことができる。高効率の並列計算用スケジューラも整備されている。

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C-Tools

C-Tools

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app]   密度汎関数理論に基づく第一原理計算アプリケーション(DFTコード)の入力ファイル作成の補助ツール。系の原子構造を3次元コンピュータグラフィックス(3DCG)によって視覚的に確認しながら、基本的な計算パラメータをグラフィカルユーザーインターフェース(GUI) で調整し、多種のDFTコードの入力ファイルを作成できる。DFTコード間の入力ファイルの変換も可能。

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CASINO

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:1 ★☆☆ [pickup app]  拡散モンテカルロ法に基づくオープンソースの電子状態計算アプリケーション。他の第一原理計算/量子化学計算パッケージで行った電子状態計算の結果を用いて、結晶や分子の高精度電子状態計算を行う。計算コストはかかるものの、各種の物理量を非常に高精度で求めることができる。効率のよい並列計算が可能で、超高並列計算にも対応。

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CLUPAN

CLUPAN

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★ [pickup app]  クラスター展開法を用いた合金モデリング解析のためのプログラムライブラリ。他の電子状態計算ライブラリによって評価した合金系のエネルギーを入力として用い、第一原理計算の精度を損なうことなく原子配置効果を評価する。基底状態の構造、熱力学量の評価、平衡状態図、温度による不規則化などを高い精度で計算する事が可能。

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DC

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app]  量子化学計算ソフトウェアGAMESSと合わせて配布されている電子状態計算ソフトウェア。エネルギー密度解析と分割統治法(DC法)を組み合わせる事で、電子相関を含む精度の高い量子化学計算が短時間で実行できる。スーパーコンピュータを使う事で、これまで困難だった多数の原子を含むナノ構造体の超高精度計算も可能。

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DSQSS

DSQSS

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★ [pickup app]  格子上で定義された量子多体系の計算プログラム。連続虚数時間向き付きループアルゴリズムに基づく量子モンテカルロ法により、量子多体系の各種物理量を計算する。格子の形状、相互作用、スピンの大きさ、磁場、温度などを入力する事ができ、量子スピン系とボーズ系のシミュレーションが可能。

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ecalj

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app] 混合補強基底法(PMT法)に基づくフリーの第一原理計算コード。多くの物理系に対してLDA・GGA・LDA+U・構造最適化などの電子状態計算を行うほか、quasiparticle self-consistent GW法によって準粒子励起を正確に扱える。手法の独自性が高く、Gitでバージョン管理されている。

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ERmod

ERmod

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app]  ソフト分子集団系の自由エネルギーを計算するソフトウェア。分子動力学法とエネルギー表示溶液理論を組み合わせ、ソフト分子集団への物質結合の 自由エネルギーを早く精度よく計算する。通常の液体はもちろん、超臨界流体・イオン液体など広範な溶媒種への溶解度を決定できる。ミセル・脂質 膜・タンパク質への物質結合の強度とサイトも評価可能。

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feram

feram

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app]  強誘電体を対象とした高速分子動力学シミュレーター。双極子相互作用を効率よく取り扱うことで、原子変位に関する分子動力学計算を高速に行うことができる。FeRAM(強誘電体ランダムアクセスメモリ)で重要となる数十nmの微細な強誘電性薄膜の物性を、形状や不活性層の効果などを制御しながらシュミレーションを行うことが可能。

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FMO in GAMESS

FMO in GAMESS

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app]  全系を小さなフラグメントに分割して計算することにより、巨大分子・分子系の分子軌道計算を高効率に行うソフトで、量子化学計算プログラムGAMESSに組み込まれている。タンパク質とリガンドの間の相互作用評価など、生体高分子の構造と機能に関するさまざまな知見を得ることができる。

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HΦ

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app] 並列計算機に対応した数値厳密対角化法による有効模型ソルバーパッケージ。広汎な多体量子系の有効模型(多軌道ハバード模型、ハイゼンベルグ模型、近藤格子模型など)の基底状態及び低励起状態の波動関数を並列計算によって求める。ランチョス法による基底状態計算、熱的純粋量子状態を利用した比熱・帯磁率の温度依存性計算が可能。さらに、ver.2.0より数値ライブラリKωが接続され、先端的数理アルゴリズム(シフト型クリロフ部分空間理論)による動的グリーン関数の計算が可能となっている。

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MAV

公開度:2 ★★☆ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app]  分子動力学シミュレーション向けの可視化ソフトウェア。複数ファイルを読み込んだアニメーション表示が可能。データ変換(前処理)プログラムと表示プログラムから構成される。描画にはOpenGLを用いる。

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MDACP

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app]  Lennard-Jonesポテンシャルを持つ粒子用の並列分子動力学コード。C++で記述され、MPI+OpenMPを用いて空間分割により並列化されており、超高並列の環境下での実行が可能となっている。

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MODYLAS

MODYLAS

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:1 ★☆☆ [pickup app]  任意の分子集合体に対する汎用の大規模分子動力学計算プログラム。長距離力の取り扱いを含め、ナノ分野・バイオ分野における分子動力学計算に必要な各種手法を備える。高効率の並列計算が可能であり、超並列スパコンを用いて溶媒中のウイルス(約1000万原子)の全原子計算やリポソーム(数十万原子)の長時間計算が可能。

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OCTA

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app]  経済産業省の提案による産学連携プロジェクトで開発されたソフトマテリアルに対する統合的なシミュレータ。COGNAC(分子動力学), PASTA(レプテイション・ダイナミクス), SUSHI(平均場理理論), MUFFIN(連続体理論)という4つのシミュレーションエンジンとGOURMETというシミュレーションプラットフォームから構成される。

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OpenMX

OpenMX

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★ [pickup app]  原子局在基底と擬ポテンシャルを用いた第一原理計算プログラム。結晶・界面・溶液などの広範な物理系に対して、局在基底を利用した高速の電子状態計算を行う。大規模系に対して分子動力学計算や構造最適化を速やかに実行でき、ハイブリッド並列も実装する。ノンコリニア磁性や非平衡グリーン関数法による電気伝導計算にも対応。

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Phonopy

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★ [pickup app]  第一原理計算ソフトウェアの計算結果から固体のフォノンに関連する物理量を計算するソフトウェア。VASPやWien2kといった第一原理計算ソフトウェアの計算結果を入力とし、フォノン分散、状態密度、比熱、グリュナイゼン定数などを計算することができる。

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Rokko

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app] 逐次・並列版の固有値ソルバを統一的に利用するためのC++, C, Fortranラッパーライブラリ。密行列向け逐次版(LAPACK), 密行列向け並列版(EigenExa, ELPA, ScaLAPACKなど), 疎行列向けの逐次・並列版(SLEPc, Trilinos/Anasaziなど)のソルバを手軽にインストールすることができ、ユーザーのプログラムから簡単に呼ぶことができる。また、固有値・固有ベクトルを使った物理量の逐次・並列計算を容易に実行することができる。

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SMASH

SMASH

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app] オープンソースの大規模並列量子化学計算ソフトウェア。ナノサイズ分子のエネルギー及び最適化構造を、分割せずにまるごと計算することが可能。利用できる環境は「京」コンピュータからPCまでで、シンプルなインプット、実行方法が特徴。さらに、頻繁に用いられるルーチンを容易に抜き出せるプログラム構造になっている。

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