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PAICS

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★   フラグメント分子軌道法(FMO法)に基づく量子化学計算を行うアプリケーション。生体分子を含む巨大分子のHF計算やMP2計算などが高速に実行可能。MPI並列に対応しており、研究室レベルのクラスタ計算機からスパコンまで、幅広いシステムで高効率に稼働する。入力ファイル作成支援プログラムPaicsViewも開発されている。

代表的な開発者

石川岳志(長崎大学大学院医歯薬学総合研究科)

対象物質・モデル

タンパク質、核酸、糖鎖

手法

フラグメント分子軌道法

求められる物理量

相互作用エネルギー、電子密度、静電ポテンシャル、電場、エネルギー勾配

関連アプリ

コンパイルと実行にはMPIとLAPACKが必要

アプリを利用できる環境

Unix/Linux上で要コンパイル

MaxOS,Windows用のバイナリあり

ライセンス

ホームページに記載

並列化

MPI並列に対応。筑波大学計算科学研究センターのスパコンで動作実績有り。

代表論文

Theoretical study of the prion protein based on the fragment molecular orbital method, T. Ishikawa, T. Ishikura, and K. Kuwata, J. Comput. Chem., 30 (2009) 2594-2601.

リンク

http://www.paics.net/