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MODYLAS

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:1 ★☆☆ [pickup app]  任意の分子集合体に対する汎用の大規模分子動力学計算プログラム。長距離力の取り扱いを含め、ナノ分野・バイオ分野における分子動力学計算に必要な各種手法を備える。高効率の並列計算が可能であり、超並列スパコンを用いて溶媒中のウイルス(約1000万原子)の全原子計算やリポソーム(数十万原子)の長時間計算が可能。

開発者

安藤 嘉倫(名古屋大学 大学院工学研究科), 小嶋 秀和(名古屋大学 大学院工学研究科),
山田 篤志
(名古屋大学 大学院工学研究科), 吉井 範行(名古屋大学 大学院工学研究科),
岡崎 進(名古屋大学 大学院工学研究科), 藤本 和士(立命館大学),
岩橋 建輔(分子科学研究所), 水谷 文保(分子科学研究所)

アプリの最大の魅力

ナノ分野・バイオ分野における分子動力学計算に必要な各種手法を備えている。高効率の超並列計算が可能であり、数万原子から1000万原子を超える系までの長時間計算ができる。自由エネルギー計算にも対応している。

対象物質・モデル

任意の分子集合体。特にナノおよびバイオ分野の分子系。例えば溶液、ミセル、脂質膜、タンパク質、高分子、ウイルス等

手法

分子動力学法

求められる物理量

系の軌跡、構造、自由エネルギー等の諸熱力学量

アプリを利用できる環境

Unix/Linux上で要コンパイル
京, FX10, 一般のPCクラスタ(Linux/Unix)

ライセンス

MODYLAS licence

並列化

MPI並列・OpenMP並列に対応。
MPI並列のプロセス数はWeb公開版1.0.3では2のn乗(n≥1)のみ対応。
OpenMP並列のスレッド数は任意の数に対応。 GPGPUにはOpenACCレベルで対応済み(現時点ではWeb上での公開はしていない)。
Xeon-Phiには対応中(JHPCN課題)。

代表論文

Y. Andoh, et al., J. Chem. Theo. Comp., 9, 3201-3209 (2013)

リンク

オフィシャルサイト:http://www.modylas.org/
PAL:
http://pal.ims.ac.jp/pal/8000.php?t_application_id=1UAD

Modylasの開発者・安藤さんに聞く

フォーラム

http://www.modylas.org/forum