FMO in GAMESS — 日本語
現在位置: ホーム アプリ一覧 FMO in GAMESS FMO in GAMESS

FMO in GAMESS

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app]  全系を小さなフラグメントに分割して計算することにより、巨大分子・分子系の分子軌道計算を高効率に行うソフトで、量子化学計算プログラムGAMESSに組み込まれている。タンパク質とリガンドの間の相互作用評価など、生体高分子の構造と機能に関するさまざまな知見を得ることができる。

開発者

石村和也(分子科学研究所)、河東田道夫(分子科学研究所)、永瀬茂(分子科学研究所)、Dmitri G. Fedorov(産業技術総合研究所)、石田豊和(産業技術総合研究所)、千葉真人(産業技術総合研究所)、永田武史(産業技術総合研究所)、梅田宏明(筑波大学 大学院システム情報工学研究科)、北浦和夫(神戸大学 大学院システム情報学研究科)

アプリケーションの最大の魅力

全系を小さなフラグメントに分割し、フラグメントとフラグメントペアについてab initio MOの計算を行い、それらの結果を用いて全系のプロパティを計算する。計算時間はシステムサイズにほぼ比例する。

対象物質・モデル

タンパク質、DNA/RNA、生体高分子、有機低分子化合物との複合体、分子集合体

手法

フラグメント分子軌道法(FMO法)

求められる物理量

全エネルギー、エネルギー勾配、Mulliken population、フラグメント間相互作用エネルギー(PIE)とその成分(PIEDA)、電子密度分布(cubeファイルとして出力)、連続誘電体モデルによる溶媒和自由エネルギー、電子励起エネルギー

アプリを利用できる環境

PCクラスター(RedHat系のOS)

詳しくはhttps://staff.aist.go.jp/d.g.fedorov/fmo/GAMESS-FMO_J.pdf

ライセンス

GAMESSのライセンス

登録時に同意 http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/License_Agreement.html

並列化

MPI並列に対応(GAMESS独自のインタフェースDDIをラッパーとして利用)。

代表論文

リンク

GAMESS: http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/

FMO: http://staff.aist.go.jp/d.g.fedorov/

MateriApps フォーラム

http://ma.cms-initiative.jp/ja/community/materiapps-messageboard/fmo