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公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app]  ソフト分子集団系の自由エネルギーを計算するソフトウェア。分子動力学法とエネルギー表示溶液理論を組み合わせ、ソフト分子集団への物質結合の 自由エネルギーを早く精度よく計算する。通常の液体はもちろん、超臨界流体・イオン液体など広範な溶媒種への溶解度を決定できる。ミセル・脂質 膜・タンパク質への物質結合の強度とサイトも評価可能。

開発者

松林 伸幸(大阪大学大学院 基礎工学研究科)、櫻庭 俊(日本原子力研究開発機構)

アプリケーションの最大の魅力

ソフト分子集団系の自由エネルギーを計算するソフトウェア。分子動力学法とエネルギー表示溶液理論を組み合わせ、ソフト分子集団への物質結合の 自由エネルギーを早く精度よく計算する。通常の液体はもちろん、超臨界流体・イオン液体など広範な溶媒種への溶解度を決定できる。ミセル・脂質 膜・タンパク質への物質結合の強度とサイトも評価可能。

対象物質・モデル

溶液(非水系やイオン液体、超臨界流体も含む)、脂質膜、ミセル、タンパク質、高分子、QM/MM系

手法

エネルギー表示法による溶液系・ナノ不均一弱秩序系の自由エネルギー計算・解析

求められる物理量

自由エネルギー、エネルギー分布関数

アプリを利用できる環境
Unix/Linux上で要コンパイル。

通常のPCクラスタ、京、各地のスーパーコンピューター。神戸のFOCUSには、現在(平成25年4月25日)インストール作業中。様々な環境でのインストール法は、https://sourceforge.net/p/ermod/wiki/build-Guide/ および https://sourceforge.net/p/ermod/wiki/build-Supercom/ に記述が有り。

ライセンス

GPLv2
開発者との合意に基づくものとする。http://cpc.cs.qub.ac.uk/licence/aeoz_v1_0.html

並列化

MPI並列・OpenMP並列に対応(ただしOpenMP並列にはオプション指定が必要)。

代表論文

https://sourceforge.net/p/ermod/wiki/doc-Theories/

リンク

https://sourceforge.net/projects/ermod/

フォーラム

https://sourceforge.net/p/ermod/wiki/Support/