ABINIT-MP — 日本語
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ABINIT-MP

公開度:2 ★★☆ ドキュメント充実度:2 ★★☆   フラグメント分子軌道法(FMO法)に基づく量子化学計算を行うアプリケーション。高分子などの大きな分子の量子化学計算を高速で行うことができる。グラフィカルユーザーインターフェース(GUI)との連携により、入力データの作成から計算結果の解析まで容易に実行できる。小規模サーバから超並列機「京」までの並列計算に対応している。

代表的な開発者

望月祐志(立教大学 理学部), 中野達也(国立医薬品食品衛生研究所), 坂倉耕太(NEC), 山本純一(NEC), 沖山佳生(東京大学 生産技術研究所), 山下勝美(NECソフト), 村瀬匡(NECソフト), 石川岳志(長崎大学 医歯薬学総合研究科), 古明地勇人(産業技術総合研究所), 加藤雄司(立教大学 理学部), 渡辺尚貴(みずほ情報総研), 塚本貴志(みずほ情報総研), 田中成典(神戸大学大学院 システム情報学研究科), 加藤昭史(みずほ情報総研), 福澤薫(日本大学 松戸歯学部), 渡邉千鶴(東京大学 生産技術研究所)

アプリケーションの最大の魅力

4体フラグメント展開までが可能な使いやすいFMOプログラム。特別な設定なしに、Linux/Intel系サーバに標準搭載されているMPI環境で動作する。また、煩雑で注意深さを要するフラグメント分割を伴う入力データを随伴GUIのBioStation Viewer(Windows用)を使って容易に作成可能。また、フラグメント間相互作用エネルギー(IFIE)などの計算結果は膨大となりプリントからの理解はしばしば困難だが、Viewerを使う事で可視的・直観的に対象系の相互作用の様態を把握出来る。

対象物質・モデル

タンパク質, タンパク質複合体, タンパク質-薬品分子複合系, 水和凝集系, 分子固体, 結晶モデル(有バンドギャップ)

手法

フラグメント分子軌道(FMO)法(4体展開まで)

求められる物理量

エネルギー(HF, MP2, MP3), 力(HF, MP2), 電子密度(HF, MP2)

ライセンス

Intel系サーバ用バイナリは東大CISSサイトからフリーでダウンロード可能

平成25年3月31日までに公開したバージョンまでは既に締結。商用ライセンスの契約が有効。(現在、新規の商用ライセンスの手続きの受付は停止中)

http://www.ciss.iis.u-tokyo.ac.jp/riss/dl/download/index.php#download_2

アプリを利用できる環境

Windows

代表論文

S. Tanaka, Y. Mochizuki, Y. Komeiji, Y. Okiyama, and K. Fukuzawa, Phys. Chem. Chem. Phys. 16 (2014) 10310-10344.

リンク

http://www.ciss.iis.u-tokyo.ac.jp/riss/project/molecule/