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アプリ一覧 [U-Z]

[U]

公開度について
0 ☆☆☆ 非公開・商用。 1 ★☆☆ 使用には事前相談が必要。2 ★★☆ バイナリファイルを配布。3 ★★★ オープンソースコードを配布。

ドキュメントの充実度について
★0-3でドキュメントの充実度を表しています(充実度の詳細はこちらに記載してあります)。

GAMESS-UK

公開度:0 ☆☆☆ ドキュメント充実度:2 ★★☆   非経験的量子化学計算を行うアプリケーション。ハートリー-フォック法、密度 汎関数理論、多体摂動論、配位間相互作用理論などを用いた分子の電子状態計算が可能。イギリス国内でのアカデミック利用のみ無償で、そのほかは有償。歴史的にGAMESS-USと共通のコアプログラムを有するが、それ以降に発展した機能は異なる。

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GAMESS-US

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   非経験的量子化学計算を行うオープンソースアプリケーション。ハートリー-フォック理論、密度汎関数理論、多体摂動論、配位間相互作用理論などを用いた分子の電子状態計算を行う。無償ながら精力的な開発により高品質・高機能な コードを維持しており、世界的に多くのユーザーを有する。歴史的にGAMESS-UKと共通のコアプログラムを有する。

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Quantum Unfolding

公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 2 ★★☆ スーパーセルを使った第一原理バンド計算の結果を、ユニットセルのブリルアンゾーンに展開するプログラム。Wannier90が出力する最局在ワーニエ関数を利用する。

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USPEX

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★   化学組成の情報から安定・準安定構造を予測するアプリケーション。VASP、GULP、siesta、Quantum Espresso、STM4、CP2kなどの第一原理計算アプリケーションを利用し、進化的アルゴリズムをはじめとする種々の手法による構造予測を行う。高圧下の結晶構造解析や、ナノ粒子、表面の構造予測に応用されている。

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[V]

公開度について
0 ☆☆☆ 非公開・商用。 1 ★☆☆ 使用には事前相談が必要。2 ★★☆ バイナリファイルを配布。3 ★★★ オープンソースコードを配布。

ドキュメントの充実度について
★0-3でドキュメントの充実度を表しています(充実度の詳細はこちらに記載してあります)。

Vampire

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★  原子レベルからマイクロメートルオーダーまで扱えるマイクロ磁気シミュレーションプログラム。スピンダイナミクスの計算や、モンテカルロ法による位相空間の探索ができる。反強磁性体や合金などの複雑な系を取り扱うことができるほか、オープンソース、オブジェクト指向という特徴を持ち、高速な並列計算が可能。

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VASP

公開度:0 ☆☆☆ ドキュメント充実度:3 ★★★   PAW型擬ポテンシャル法を用いた第一原理計算パッケージ。広範な物理系に対して、密度汎関数理論に基づく電子状態計算を高速で行うことができる。有償であるが、世界的に多くのユーザーを有し、利用方法について詳しい情報が容易に入手できる。構造最適化・応答関数・化学反応など充実した機能を有する。

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VASP TST tools

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   第一原理計算アプリケーションVASPに遷移状態計算機能を付加するパッチ・スクリプト群。化学反応素過程における反応経路や遷移状態の構造、エネルギー、反応速度を計算することができる。電荷を各原子に帰属させるBader解析プログラムも含まれている。

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VASPsol

公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 2 ★★☆ 溶媒を連続体モデル(陰溶媒モデル)として取り扱った第一原理計算を行うためのアプリケーション。VASPへのパッチとして公開されている。分子動力学計算や、nudged elastic band法による溶媒中の反応障壁への計算に対応する。

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VESTA

VESTA

公開度 : 2 ★★☆ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ Windows, Linux, Mac OS Xで動作する結晶構造ならびにグリッドデータの可視化ソフト。30通りの構造データフォーマット、17通りの3次元グリッドデータフォーマットの入力に対応すると共に、13通りの構造データフォーマット、6通りのグリッドデータフォーマットの出力に対応する。非商用の用途には無料でバイナリ配布されている。

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VisBAR

公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 大規模電子状態計算の後処理データ解析を目的としたPythonスクリプト集。現在公開されているのは「VisBAR Wave Batch」で、多数の波動関数を同時に可視化(等値面表示)できる。Gaussian cube形式のグリッドデータファイルから、画像ファイル(PNG形式等)をバッチ生成する。MPI型並列処理にも対応。

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VMD

公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ タンパク質、核酸、脂質二重層などの生体系のモデリング、可視化、解析のためのソフトウェア。Protein Data Bank (PDB)ファイルを読み込むことで生体分子の可視化を行う。分子の描画や色付けについての様々なオプションが提供されており、分子動力学シミュレーションの計算結果をアニメーションにすることも可能。

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[W]

公開度について
0 ☆☆☆ 非公開・商用。 1 ★☆☆ 使用には事前相談が必要。2 ★★☆ バイナリファイルを配布。3 ★★★ オープンソースコードを配布。

ドキュメントの充実度について
★0-3でドキュメントの充実度を表しています(充実度の詳細はこちらに記載してあります)。

Wannier90

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★   第一原理計算アプリケーションの計算結果から最局在ワニエ関数(MLWF)を求めるプログラム。Quantum Espresso, abinit, SIESTA, FLEUR, Wien2k, VASPに対応している。MLWFを用いた電子伝導やベリー位相に関連する物性を評価することができる。GPLライセンスで公開されている。

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WEST

公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 3 ★★★ Quantum ESPRESSOによるLDA/GGA/ハイブリッド汎関数による基底状態の計算の後処理として、ワンショットGW法に基づく励起スペクトル計算を行うプログラム。非占有バンドをあらわに含める必要のないアルゴリズムを用いており、計算量を大幅に削減している。また、スピン-軌道相互作用を考慮した計算やBlueGene/Q(mira)等のスパコンでの大規模並列計算にも対応している。インストール方法および入力ファイルフォーマットはQuantumESPRESSOに準ずる。

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WIEN2k

公開度:0 ☆☆☆ ドキュメント充実度:3 ★★★   全電子計算手法を用いた第一原理計算ライブラリ。密度汎関数法に基づく電子状態計算により、固体のバンド計算、構造最適化、分子動力学などを行う。通常の擬ポテンシャル法を用いた計算に比べて計算精度が高く、内殻電子が絡む化学シフトなどの物理量を評価することが可能。開発元と契約を結ぶことにより、有償で利用することができる。

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Winmostar

公開度: 2 ★★☆ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 国産の分子モデリング用アプリケーション。分子表示ウインドウ上で分子に対して原子および置換基の追加・変更・移動・削除を行うことができる。内蔵されている量子化学計算プログラムにより、構造最適化や紫外・可視吸収スペクトルの計算を行えるほか、MOPAC, Gaussian, GAMESS, NWChem, Gromacsで得られた結果のプリポスト処理を行える。

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wxMacMolPlt

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   GAMESSの入出力用に開発されたオープンソースの可視化アプリケーション。GAMESS形式以外にXYZ、MolDen、pdb、CML形式のファイルを読み込め、GUIやZ-Matrix形式による座標の指定も可能である。分子軌道、電子密度、静電ポテンシャル、基準振動などの結果を描画でき、出力形式も多様である。

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[X]

公開度について
0 ☆☆☆ 非公開・商用。 1 ★☆☆ 使用には事前相談が必要。2 ★★☆ バイナリファイルを配布。3 ★★★ オープンソースコードを配布。

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DV-Xα

公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ DV-Xα法に基づく第一原理計算アプリケーション。分子・原子から固体結晶まで、広い物理系に対して電子状態計算を行う。Xα法を採用しているため高速な全電子状態計算が可能であり、種々の物性値や電子遷移確率(特に内殻電子励起)が評価できる。パラメータ入力補助や可視化・後処理のツールも公開されている。

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XCRYSDEN

公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ UNIX系プラットフォームで動作する結晶構造ならびにグリッドデータの可視化のためのオープンソースアプリケーション。GAUSSIAN, CRYSTAL, Quantum Espresso(PWscf), WIEN2k, FHI98MDなど、多くのソフトの出力ファイルに対応している。電子密度やポテンシャルなどの3次元データの可視化に加えて、フェルミ面の表示も行うことができる。

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XtalOpt

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   化学組成の情報から安定・準安定構造を予測するオープンソースアプリケーション。多数の第一原理計算アプリケーション(VASP、GULP、Quantum Espresso、CASTEP)のエネルギー計算を利用し、進化的アルゴリズムを用いて構造予測を行う。 General Public License(GPL)のもとで公開されている。

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xTAPP

xTAPP

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app]  擬ポテンシャル法と平面波基底を用いた第一原理計算ライブラリ。金属、半導体、酸化物、表面・界面など広範な対象に対して、バンド計算・電子状態計算を高精度で行うことができる。出入力の補助ツール・可視化プログラムが整備されているほか、OpenMP・MPI・GPGPUに対応しており京コンピュータを含む超高並列型計算機で利用可能。

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[Y]

公開度について
0 ☆☆☆ 非公開・商用。 1 ★☆☆ 使用には事前相談が必要。2 ★★☆ バイナリファイルを配布。3 ★★★ オープンソースコードを配布。

ドキュメントの充実度について
★0-3でドキュメントの充実度を表しています(充実度の詳細はこちらに記載してあります)。

Yambo

公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 3 ★★★ 密度汎関数法から得られる波動関数をベースに、GW法やBSE法による多体問題の第一原理計算を行うアプリケーション。abinitあるいはQuantum Espressoによって出力される波動関数を利用できる。Yambo-pyというpythonインタフェースも開発が行われている。

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[Z]

公開度について
0 ☆☆☆ 非公開・商用。 1 ★☆☆ 使用には事前相談が必要。2 ★★☆ バイナリファイルを配布。3 ★★★ オープンソースコードを配布。

ドキュメントの充実度について
★0-3でドキュメントの充実度を表しています(充実度の詳細はこちらに記載してあります)。

Z2Pack

公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 3 ★★★ 第一原理計算またはタイトバインディング模型から得たバンド構造からZ2トポロジカル数またはチャーン数を計算する解析ツール。トポロジカル数の計算はワニエ関数の電荷中心を用いて計算を行っており、反転対称性のない系にも適用することができる。

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Zindaiji3

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★   大規模粒子シミュレーションのオープンソース可視化アプリケーション。重力多体計算などで出力される2千万〜3千万体程度の大規模な粒子情報を可視化でき、アニメーション作成に関する機能を多く備えている。OpenGLを用いた高速表示を行い、グラフィカルユーザーインターフェイス(GUI)での操作が可能。

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