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アプリ一覧 [S-T]

[S]

公開度について
0 ☆☆☆ 非公開・商用。 1 ★☆☆ 使用には事前相談が必要。2 ★★☆ バイナリファイルを配布。3 ★★★ オープンソースコードを配布。

ドキュメントの充実度について
★0-3でドキュメントの充実度を表しています(充実度の詳細はこちらに記載してあります)。

Atomic Simulation Environment (ASE)

公開度:3 ★★★  ドキュメント充実度:3 ★★★ 原子構造モデリング・シュミレーション管理・可視化などを行うpythonモジュール群。数多くの第一原理計算・古典分子動力学・量子化学計算アプリケーションに対応しており、GUI、コマンドライン、pythonスクリプトなど、複数のインタフェースを備える。LGPLに基いて公開されている。

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Balls&Sticks

公開度:2 ★★☆ ドキュメント充実度:2 ★★☆ 結晶構造を3次元的に可視化した静止画像や動画を作成するアプリケーション。データを入力(CIFからのインポートも可)することにより結晶構造を可視化する。GUIからの操作を含め、できるだけ簡単に操作ができるようにデザインされている。

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Bilbao Crystallographic Server

公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 種々の結晶学に関連するツール群を無料で提供するウェブサーバ。空間群、磁気的空間群、群論、散乱理論などに関連する、70以上のツールからなる。ウェブインターフェースから利用することができる。

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Cambridge Structure Database (CSD)

ケンブリッジ大学が運営する有償の有機物構造データベース。X線構造解析によって得られた小さな有機分子の分子構造や有機金属化合物の結晶構造をダウンロードすることができる。ケンブリッジ大学内の機関(Cambridge Crystallographic Data Centre, CCDC)が運営している。

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Open Source MPS

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   テンソル積波動関数法を用いた一次元多体電子系のモデル計算を行うオープンソースアプリケーション。電子系だけでなく、スピン系やボゾン系も取り扱うことができ、基底状態および低エネルギー励起状態に関する各種物理量を計算できる。系の実時間発展を取り扱うこともでき、長距離相互作用を持つ模型にも対応していることが特徴である。

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SALMON

SALMON

公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 2 ★★☆ 時間依存密度汎関数理論に基づく実時間・実空間グリッド法を用いた、光励起電子ダイナミクスシミュレータ。線形光応答、パルス光による非線形光応答を、孤立系、周期系、界面・表面等、様々な物質系において計算ができる。数千原子からなる超並列大規模計算や電子・電磁場結合ダイナミクスのマルチスケールシミュレーションの計算も可能。

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Siesta

公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 擬ポテンシャル法と原子局在基底を用いたオープンソースの第一原理計算アプリケーション。密度汎関数理論に基づき、広範な系の電子状態計算や構造最適化、分子動力学シミュレーションなどを高速に行うことができる。原子局在基底の採用により高速化を実現し、一部の系に対して線形スケーリングの性能を示す。非平衡グリーン関数法による電子伝導特性の評価も可能。

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SMASH

SMASH

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app] オープンソースの大規模並列量子化学計算ソフトウェア。ナノサイズ分子のエネルギー及び最適化構造を、分割せずにまるごと計算することが可能。利用できる環境は「京」コンピュータからPCまでで、シンプルなインプット、実行方法が特徴。さらに、頻繁に用いられるルーチンを容易に抜き出せるプログラム構造になっている。

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snake-dmrg

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:1 ★☆☆   密度行列繰り込み群(DMRG)法を用いた一次元多体電子系のモデル計算を行うオープンソースアプリケーション。一次元量子系や不純物系の有効モデルについて、基底状態に関する物理量だけでなく、実時間発展や有限温度物理量も取り扱うことができる。プログラム本体はC++で記述されており、Matlabスクリプトによって呼ぶことができる。

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Spin Glass Server

公開度: 0 ☆☆☆ ドキュメント充実度: 2 ★★☆ ランダムな相互作用をもつイジング模型 (イジングスピングラス)の基底状態を求めるサービス。相互作用の分布および格子の形状を指定することができる。ウェブページに模型の情報を入力すると、計算結果を指定したメールアドレスに送信してくれる

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SPINPACK

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   量子スピン系の物理量を厳密対角化によって求めるフリーライブラリ。TITPACKをベースにするが、C/C++によって完全に書き換えられ、多くの拡張機能が付加されている。ハイゼンベルグモデル、t-Jモデル、ハバードモデルの計算が可能であり、対称性による行列次元の縮小機能や並列計算用のオプションなども有する。

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SpM

SpM

公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 1 ★★☆ スパースモデリングを利用して虚時間Green関数からスペクトル関数を計算するツール。量子モンテカルロ法などを用いて得られたデータから統計誤差の影響を取り除き、安定した解析接続を行う。非負性および総和則を満たしたスペクトル関数が得られる。計算が軽く、手動で調整するパラメーターがないのが特長。

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SPRKKR

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ グリーン関数法の一種であるKKR法を用いたオープンソースの第一原理計算アプリケーション。結晶や表面などの系に対して密度汎関数法に基づく電子状態計算・バンド計算を行う。コヒーレントポテンシャル近似(CPA)によって不規則置換合金系を取り扱うことができ、スピン軌道相互作用やノンコリニア磁性の取り扱いも可能。

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STATE

公開度:1★☆☆ ドキュメント充実度:2 ★★☆   平面波基底と擬ポテンシャルを用いた第一原理分子動力学計算プログラム。広範な物理系に対して電子状態計算および分子動力学計算を行うが、Van der Waals力の計算が可能であり、固液界面や化学反応などへの応用に適する。物質の電子状態を解析するだけでなく、界面や液中での反応経路や活性化障壁を求める事ができる。

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[T]

公開度について
0 ☆☆☆ 非公開・商用。 1 ★☆☆ 使用には事前相談が必要。2 ★★☆ バイナリファイルを配布。3 ★★★ オープンソースコードを配布。

ドキュメントの充実度について
★0-3でドキュメントの充実度を表しています(充実度の詳細はこちらに記載してあります)。

Atomistix Toolkit (ATK)

公開度:0 ☆☆☆ ドキュメント充実度:2 ★★☆ 非平衡グリーン関数法を用いた有償の電子輸送計算アプリケーション。SIESTAの流れを汲んでおり、有限バイアス下の電子状態計算を行うことで、電極間の分子やバルク系の電気伝導特性を計算する。密度汎関数法と半経験的手法のいずれかを選ぶことができ、ゲート電圧等の外部因子を設定できる。構造最適化や反応経路解析の機能も有する。

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C-Tools

C-Tools

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app]   密度汎関数理論に基づく第一原理計算アプリケーション(DFTコード)の入力ファイル作成の補助ツール。系の原子構造を3次元コンピュータグラフィックス(3DCG)によって視覚的に確認しながら、基本的な計算パラメータをグラフィカルユーザーインターフェース(GUI) で調整し、多種のDFTコードの入力ファイルを作成できる。DFTコード間の入力ファイルの変換も可能。

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TAPIOCA

TAPIOCA

公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ [pickup app] 第一原理計算アプリケーションxTAPPの入力支援・可視化を行うツール。グラフィカルユーザーインターフェース(GUI)を利用して、xTAPPの入力ファイルを作成でき、出力ファイルから波動関数・電子密度・ポテンシャルなどを3次元的に可視化することができる。

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Tecplot

公開度:0 ☆☆☆ ドキュメント充実度:2 ★★☆   数値流体力学・数値シミュレーションのための商用の可視化アプリケーション。2次元・3次元グラフ機能がひとつの環境に統合されているほか、スライス、等値面、ストリームトレース・ツールなどにより、インタラクティブにデータの可視化を行うことができる。大規模データの可視化や多くのデータセットの効率的な比較にも優れる。

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Thermo-Calc

公開度:0 ☆☆☆ ドキュメント充実度:3 ★★★   合金や化合物の熱力学量・熱力学相図を評価するアプリケーション。データベースと連携する事で、合金・化合物の平衡状態の状態図や各状態での熱力学量を求めることができ、材料科学や合金・冶金開発における物性の評価や予測を行うことが可能。様々な熱力学モデルに対応しており、状態図等をプロットするためのツールも備えている。

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TINKER

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   オープンソースの分子動力学計算アプリケーション。生体高分子や溶媒などの多数の分子・原子からなる系の分子動力学シュミレーションを実行できる。多くの力場セット・アルゴリズムを実装しており、OpenMPによる並列計算にも対応。Javaによるグラフィカルユーザーインターフェース(GUI)も付属している。

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TITPACK

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   量子スピン系の物理量を厳密対角化法によって計算するフリーのプログラム群。Fortranによって書かれており、メインルーチンを書き換えることで簡単に多様な量子スピン系を取り扱うことができる。Lanczos法と逆反復法により固有エネルギー・固有関数が計算できるほか、相関関数の計算や一般の疎エルミート行列の取り扱いも可能。

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TOMBO

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   全電子混合基底法を用いた第一原理計算のプログラム。孤立系、表面・界面、結晶などの広範な物理系を対象とし、芯電子から価電子までのすべての電子状態を計算する。GW法などの各種計算手法に対応しており、並列計算にも対応。時間依存密度汎関数理論にもとづく電子励起状態の分子動力学計算も高精度で実行できる。

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TRIQS/CTHYB

公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 連続時間量子モンテカルロ法によるオープンソースの不純物問題ソルバー。高効率なモンテカルロアルゴリズムによって、不純物アンダーソン模型や動的平均場計算で現れる有効不純物模型の虚時間グリーン関数を高速で計算することができる。プログラム本体はC++によって記述されており、Pythonから呼び出すことができる。

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TRIQS/DFT tools

公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 2 ★★☆ 密度汎関数法(DFT)による第一原理計算アプリと動的平均場法(DMFT)の計算アプリTRIQSの間を橋渡しするインターフェイスツール。Wien2kと組み合わせて自己無撞着なDFT+DMFT計算を行うことができるほか、他の第一原理パッケージで得られたバンド構造を利用してワンショットDFT+DMFT計算を行うことも可能。

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TURBOMOLE

公開度:0 ☆☆☆ ドキュメント充実度:2 ★★☆   非経験的量子化学計算を行う有償のアプリケーション。RI近似の導入により電子状態計算が高速化されており、基底状態だけではなく励起状態をfull RPA、TDDFT、CIS(D)、CC2、ADC(2)など様々な精度の方法論により計算できる。赤外分光、可視・紫外分光、ラマン分光、円二色性スペクトルなどの分光データの評価が可能。

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VASP TST tools

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   第一原理計算アプリケーションVASPに遷移状態計算機能を付加するパッチ・スクリプト群。化学反応素過程における反応経路や遷移状態の構造、エネルギー、反応速度を計算することができる。電荷を各原子に帰属させるBader解析プログラムも含まれている。

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