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アプリ一覧 [N-O]

[N]

公開度について
0 ☆☆☆ 非公開・商用。 1 ★☆☆ 使用には事前相談が必要。2 ★★☆ バイナリファイルを配布。3 ★★★ オープンソースコードを配布。

ドキュメントの充実度について
★0-3でドキュメントの充実度を表しています(充実度の詳細はこちらに記載してあります)。

Flexible DM-NRG

公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 数値繰り込み群法の計算を行うアプリケーション。近藤模型やアンダーソン模型などで記述される磁性不純物問題を解くことができる。代表的な模型の入力ファイルが用意されており、入力ファイルを修正することで一般の磁性不純物模型も取り扱うことも可能。入力ファイル作成を補助するMathematicaプログラムが付属している。

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MSC Nastran

公開度:0 ☆☆☆ ドキュメント充実度:3 ★★★   有限要素法を用いた汎用の構造解析アプリケーション。構造体の熱伝導や応力・ひずみについて、静的特性、動的応答・振動応答、非線形挙動などの解析が可能。多様な数値解法を実装し、問題に応じた最適な解法を選択することが出来る。並列処理に対応し、独自のプログラム言語によるカスタマイズも可能。

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NAMD

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★ 高並列計算のために設計された生体分子のオープンソースの分子動力学アプリケーション。数100コア〜200,000コア程度の並列計算を効率よく行うことができる。計算のセットアップと軌道解析には、分子可視化ソフトVMDを使用する。AMBER、CHARMMなどの他の計算アプリとのファイル互換性を持ち、様々な計算環境で利用が可能。

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Nano-Ignition

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   分子動力学計算の入力ファイル作成を支援するアプリケーション。原子位置・ボンド情報の手動入力、タンパク質構造データバンクからのファイル読み込み、グラフィカルユーザーインターフェースを利用したデータ編集などが可能。水素分子付加、データの合成など多様な機能を有し、少ないメモリ上で多数の原子の取り扱うことができる。

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NAP

公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 1 ★☆☆ 分子動力学法、量子・古典ハイブリッドシミュレーション、nudged elastic band法による化学反応経路探索、ポテンシャルパラメータフィッティングなどを行うアプリケーション群。分子動力学アプリケーションは種々の金属や半導体に対応した原子間ポテンシャルを含有しており、空間分割による並列計算に対応している。

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NTChem

公開度:1 ★☆☆ ドキュメント充実度:2 ★★☆   分子科学計算のためのアプリケーション。既存アプリケーションの機能をカバーしつつ、他のプログラムで利用することのできない多くの量子化学計算手法を実装している。数千原子分子系に対する第一原理電子状態計算や数百原子分子系の化学反応過程追跡計算を行うことができ、京コンピュータなどの超並列計算機を利用した高効率並列計算も可能。

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NWChem

公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 励起状態や時間発展に重点が置かれたオープンソースの汎用量子化学計算アプリケーション。時間依存密度汎関数法による励起状態計算や、QM/MM法による計算が行える。超並列計算に対応しており、数万プロセス程度の並列計算を効率よく実行できる。相対論効果の取り扱いやガウシアン基底/平面波基底の選択が可能。

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[O]

公開度について
0 ☆☆☆ 非公開・商用。 1 ★☆☆ 使用には事前相談が必要。2 ★★☆ バイナリファイルを配布。3 ★★★ オープンソースコードを配布。

ドキュメントの充実度について
★0-3でドキュメントの充実度を表しています(充実度の詳細はこちらに記載してあります)。

J-OCTA

公開度:0 ☆☆☆ ドキュメント充実度:3 ★★★   ソフトマテリアルに対する統合アプリケーション。OCTAの商用版アプリケーションであり、OCTAの基本機能を有するほか、各エンジンのためのモデリング・解析機能、事例データベース、構造物性相関などのツール群を含む。特に独自に開発された分子動力学ソルバーVSOPは、MPI並列計算による高速な計算が可能であり、広く使われている。

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OACIS

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ オープンソースのシミュレーション実行管理フレームワーク。計算したいシミュレータを登録することにより、実行時の情報(パラメータ、実行日時、ホスト、シミュレータのバージョン)と計算結果をデータベースに保存する。ジョブの実行や実行情報の閲覧は、ウェブブラウザから効率的に行うことができる。

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OCTA

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app]  経済産業省の提案による産学連携プロジェクトで開発されたソフトマテリアルに対する統合的なシミュレータ。COGNAC(分子動力学), PASTA(レプテイション・ダイナミクス), SUSHI(平均場理理論), MUFFIN(連続体理論)という4つのシミュレーションエンジンとGOURMETというシミュレーションプラットフォームから構成される。

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Octopus

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★ 擬ポテンシャル法と実空間基底を用いたオープンソースの第一原理計算アプリケーション。広範な系の電子状態計算・バンド計算・構造最適化などを行うことができる。時間依存密度汎関数法(TDDFT)を実装しており、化学反応や外場応答などの電子状態変化を伴う実時間シミュレーションが可能。マニュアル・チュートリアルが充実している。

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ONETEP

公開度:0 ☆☆☆ ドキュメント充実度:3 ★★★    オーダーN法による第一原理計算アプリケーション。広範な物理系に対して電子状態計算・バンド計算を行うことができる。DFT+U法、時間依存DFT法、分子動力学などをサポートし、ファンデルワールス力やフォノンの取り扱いも可能。補助アプリにより、入力ファイルの生成やファイル形式変換、計算結果の抽出なども行うことができる。

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Open Source MPS

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   テンソル積波動関数法を用いた一次元多体電子系のモデル計算を行うオープンソースアプリケーション。電子系だけでなく、スピン系やボゾン系も取り扱うことができ、基底状態および低エネルギー励起状態に関する各種物理量を計算できる。系の実時間発展を取り扱うこともでき、長距離相互作用を持つ模型にも対応していることが特徴である。

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OpenDX

公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 3 ★★★ オープンソースの可視化アプリケーション・パッケージ。X window system を用いたGUI アプリとして提供されている。GUI によるカメラの操作だけでなく、描画パラメータの変更や、アニメーションの作成・再生も可能。CDF やNetCDF など、多様なデータフォーマットをサポートしている。

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OpenFFT

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   並列計算機用に開発されたオープンソースの高速フーリエ変換アプリケーション。実数および複素数の3次元及び4次元高速フーリエ変換を任意のノード数を用いた並列計算によって実行する。ノード間の通信が最小となるように自動データ分割を行うことで、多くの計算機環境で優れた並列処理性能を実現している。

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OpenFOAM

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★ 流体/連続体計算を行うオープンソースアプリケーション。化学反応、乱流、熱伝導、燃焼などを含む複雑な流体の問題や、固体の熱伝導、応力場、電磁流体などを扱うことができる。並列計算に対応しており、プリポスト処理機能も備える。C++で開発されており、開発・デバッグ効率、メンテナンス性に優れる。

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OpenKIM

公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 3 ★★★ 分子シミュレーションのためのオープンソースツール群・データベース。分子動力学計算に用いられる分子間力モデル(分子間力ポテンシャルや力場)の情報を無償でダウンロードできるほか、計算結果のデータやテストツールなどもダウンロードできる。分子動力学プログラムと分子間力モデルをつなぐAPI(Application Programming Interface)も提供している。

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OpenMX

OpenMX

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★ [pickup app]  原子局在基底と擬ポテンシャルを用いた第一原理計算プログラム。結晶・界面・溶液などの広範な物理系に対して、局在基底を利用した高速の電子状態計算を行う。大規模系に対して分子動力学計算や構造最適化を速やかに実行でき、ハイブリッド並列も実装する。ノンコリニア磁性や非平衡グリーン関数法による電気伝導計算にも対応。

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OpenPhase

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:1 ★☆☆   Phase-field法シミュレーションを行うオープンソースアプリケーション。状態相図、結晶成長、一次相転移に伴う微小構造の形成など、物質科学に関わる多くの問題を取り扱うことができる。C++で書かれたコードがGPLライセンスで公開されており、拡張性を意識した開発が進められている。

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ORCA

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ アカデミックライセンスで提供されるオープンソースの半経験的/非経験的量子化学計算アプリケーション。多くの量子化学計算理論(ハートリー-フォック理論、密度汎関数理論、配位間相互作用理論など)に基づく分子の電子状態計算や構造最適化、スペクトル解析が可能。GROMACSと組み合わせることでQM/MM法による動力学計算も可能。

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Osaka2k

公開度 : 1 ★☆☆ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 擬ポテンシャル法と平面波基底を用いた第一原理計算アプリケーション。固体結晶から表面・界面まで広い物理系に対して電子状態計算を行うことができる。構造最適化、フォノン分散、第一原理分子動力学法などの計算を行うことができ、スピン軌道相互作用を考慮した電子状態計算も可能。

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