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アプリ一覧 [H-L]

[H]

公開度について
0 ☆☆☆ 非公開・商用。 1 ★☆☆ 使用には事前相談が必要。2 ★★☆ バイナリファイルを配布。3 ★★★ オープンソースコードを配布。

ドキュメントの充実度について
★0-3でドキュメントの充実度を表しています(充実度の詳細はこちらに記載してあります)。

Harlem

公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 分子・生体高分子のモデリング・可視化のためのオープンソース多機能アプリケーション。マルチスケールの分子シュミレーション用に開発され、AMBERやGaussian等の簡易GUI機能も持つ。蛋白質の残基の入れ替え機能や蛋白質電子移動のPathwaysモデルのコードを実装しているのが特徴。原子・分子の描画機能等はrasmolを呼び出して使っている。

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HiLAPW

公開度 : 1 ★☆☆ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 全電子計算法に基づく第一原理計算アプリケーション。広範な物理系に対して、線形補強平面波(LAPW)法を用いた精度の高い電子状態計算を行い、バンド構造や構造最適化などを行うことができる。d電子を含む磁性物質の状態計算に適し、スピン軌道相互作用などの相対論的効果も取り扱うことができる。

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HOOMD-blue

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★   多目的粒子シミュレーションを行うオープンソースアプリケーション。多くの種類の統計手法・ポテンシャルが用意されており、剛体力学・ランジュバン動力学・散逸粒子動力学・非平衡分子動力学などの計算を行うことができる。GPUを利用した高効率の高速計算も可能。初期条件の作成やジョブの実行・解析にpythonスクリプトが用意されている。

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HORTON

公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 3 ★★★ 量子化学計算を行うオープンソースアプリケーション。ハートリー-フォック(HF)法および密度汎関数法(DFT)による量子化学計算を行うことができる。コードの可読性・柔軟性を重視しており、Pythonから呼び出すことができる。二電子波動関数(ジェミナル)に基づく量子化学計算も可能。

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HΦ

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app] 並列計算機に対応した数値厳密対角化法による有効模型ソルバーパッケージ。広汎な多体量子系の有効模型(多軌道ハバード模型、ハイゼンベルグ模型、近藤格子模型など)の基底状態及び低励起状態の波動関数を並列計算によって求める。ランチョス法による基底状態計算、熱的純粋量子状態を利用した比熱・帯磁率の温度依存性計算が可能。さらに、ver.2.0より数値ライブラリKωが接続され、先端的数理アルゴリズム(シフト型クリロフ部分空間理論)による動的グリーン関数の計算が可能となっている。

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[I]

公開度について
0 ☆☆☆ 非公開・商用。 1 ★☆☆ 使用には事前相談が必要。2 ★★☆ バイナリファイルを配布。3 ★★★ オープンソースコードを配布。

ドキュメントの充実度について
★0-3でドキュメントの充実度を表しています(充実度の詳細はこちらに記載してあります)。

FMO in GAMESS

FMO in GAMESS

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ [pickup app]  全系を小さなフラグメントに分割して計算することにより、巨大分子・分子系の分子軌道計算を高効率に行うソフトで、量子化学計算プログラムGAMESSに組み込まれている。タンパク質とリガンドの間の相互作用評価など、生体高分子の構造と機能に関するさまざまな知見を得ることができる。

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ICSD

無機結晶構造の有償データベース。FIZ Karlsruheにより運営されており、2016年3月時点で181,000の結晶構造データが登録されている。科学ジャーナル等のデータを元に年2回の更新を行っており、毎年平均して6,000の結晶構造データが追加されている。

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IFEFFIT

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★   X線吸収微細構造解析(XAFS)のためのアプリケーション。コマンドラインを用いたインタラクティブな操作により、XAFSの実験データを多くの手法によって解析することができる。高速フーリエ解析、動径座標や波数空間におけるフィッティング、データの描画機能など、豊富な機能を有する。

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Inelastica

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:1 ★☆☆   SIESTA, TranSIESTAのためのプレ・ポスト処理アプリケーション。フォノンの振動数や、電子・フォノンカップリング、非弾性散乱によるコンダクタンスへの影響を計算することができる。また、SIESTAが出力するハミルトニアンにアクセスするためのPythonインターフェースを提供する。

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ITensor

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   テンソル積波動関数法を用いた多体電子系の計算を行うC++ライブラリ。テンソルの定義を簡便に行うことができ、テンソルネットワーク法で用いる線形演算や量子数保存などの機能をサポートする。拡張性・保守性に優れ、密度行列繰り込み群(DMRG)などの1次元電子系ソルバーを比較的容易に作成できる。

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Nano-Ignition

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   分子動力学計算の入力ファイル作成を支援するアプリケーション。原子位置・ボンド情報の手動入力、タンパク質構造データバンクからのファイル読み込み、グラフィカルユーザーインターフェースを利用したデータ編集などが可能。水素分子付加、データの合成など多様な機能を有し、少ないメモリ上で多数の原子の取り扱うことができる。

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[J]

公開度について
0 ☆☆☆ 非公開・商用。 1 ★☆☆ 使用には事前相談が必要。2 ★★☆ バイナリファイルを配布。3 ★★★ オープンソースコードを配布。

ドキュメントの充実度について
★0-3でドキュメントの充実度を表しています(充実度の詳細はこちらに記載してあります)。

J-OCTA

公開度:0 ☆☆☆ ドキュメント充実度:3 ★★★   ソフトマテリアルに対する統合アプリケーション。OCTAの商用版アプリケーションであり、OCTAの基本機能を有するほか、各エンジンのためのモデリング・解析機能、事例データベース、構造物性相関などのツール群を含む。特に独自に開発された分子動力学ソルバーVSOPは、MPI並列計算による高速な計算が可能であり、広く使われている。

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Jaguar

公開度:0 ☆☆☆ ドキュメント充実度:2 ★★☆   非経験的量子化学計算を行う有償のアプリケーション。密度汎関数理論、 ハー トリー-フォック法、MP2法による量子化学計算を高速で行う。分子の構造最適化、スペクトル解析、酸解離定数などを評価でき、TDDFT法・CIS法を用いた励起状態計算も可能。同じ開発元による可視化アプリケーションMaestroとの親和性が高い。

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JDFTx

公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 平面波基底およびJoint DFT法に基づく第一原理計算アプリケーション。液体中の分子の電子状態計算に性能を発揮し、系が帯電している場合でも優れた収束性を有する。C++11で記述されており、CUDAによるGPU計算にも対応しているほか、CASINOと連携した拡散モンテカルロの計算にも対応している。

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[K]

公開度について
0 ☆☆☆ 非公開・商用。 1 ★☆☆ 使用には事前相談が必要。2 ★★☆ バイナリファイルを配布。3 ★★★ オープンソースコードを配布。

ドキュメントの充実度について
★0-3でドキュメントの充実度を表しています(充実度の詳細はこちらに記載してあります)。

DC-DFTB-K

公開度:0 ☆☆☆ ドキュメント充実度:0 ☆☆☆ 分割統治(DC)法に基づくDFTB (Density Functional Tight Binding)計算アプリケーション。大規模分子の構造最適化や分子動力学シミュレーションを線形スケーリングで実行する。MPIとOpenMPを用いたハイブリッド並列計算により、京コンピュータ上で100万原子系のDFTB電子状態計算が可能。

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Kω

公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ シフト型クリロフ部分空間解法を用いた大規模疎行列向け並列化数値計算ルーチン。ハミルトニアン行列と状態ベクトルを入力として動的相関関数を効率よく計算することが可能。汎用な数値ライブラリであり、多体量子模型ソルバーHΦでの動的グリーン関数の計算機能の実装などに利用されている。また、Heisenberg模型などの量子格子模型の動的相関関数を計算するミニアプリが付属している。

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KOBEPACK

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆   S=1スピン鎖のランチョス法による数値対角化パッケージ。TITPACKのコードを内部で使用しており、有限一次元スピン鎖の基底状態・低エネルギー励起状態の固有エネルギーと固有ベクトルを計算する。行列要素を部分空間コーディング法で記述しており、計算時間・メモリ使用量を大幅に減らしている。

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Kwant

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★   量子伝導特性の計算を行うオープンソースのPythonパッケージ。タイトバインディング模型で記述される系のコンダクタンスや電流ノイズ、状態密度などを高速で計算することができる。系の形状を柔軟かつ容易に記述することができ、強磁性状態や超伝導状態、トポロジカル物質やグラフェンなどの取り扱いも可能。

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[L]

公開度について
0 ☆☆☆ 非公開・商用。 1 ★☆☆ 使用には事前相談が必要。2 ★★☆ バイナリファイルを配布。3 ★★★ オープンソースコードを配布。

ドキュメントの充実度について
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ALF (Algorithms for Lattice Fermions)

公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 2 ★★☆ 補助場量子モンテカルロ法を用いてハバードタイプの模型の有限温度計算を行なうパッケージ。横磁場イジングの場とカップルしたハバード模型の計算も行なうことができる。正方格子、ハニカム格子上のハバード模型の計算例があるなどドキュメントも充実している。

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LAMMPS

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:3 ★★★ オープンソースの汎用古典分子動力学アプリケーション。ソフトマター、固体、メソスコピック系などの多くの系で動力学計算を行うことができる。原子の動力学計算や一般的な粒子のシミュレーターとしても利用可能で、空間分割を用いた並行計算にも対応する。GPLライセンスを採用し、コードは変更や拡張が容易となるようにデザインされている。

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LibTetraBZ

LibTetraBZ

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ 固体中の電子状態計算においてBrillouin Zone積分を効率的に行うテトラへドロン法を任意のコードに実装するためのライブラリ群。

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LmtART

公開度:3 ★★★ ドキュメント充実度:2 ★★☆ 全電子計算手法を用いたオープンソースの第一原理計算アプリケーション。密度汎関数法に基づく電子状態計算により、バンド計算・構造最適化を行う。擬ポテンシャル法に比べて計算精度が高く、内殻電子の効果を含んだ電子状態計算ができる。電子状態計算と動的平均場理論を組み合わせることで、強い電子相関効果を取り入れた計算も可能。

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LOBSTER

公開度 : 3 ★★★ ドキュメント充実度 : 2 ★★☆ 電子軌道間の化学結合性を評価するCOHP (crystal orbital Hamilton population)およびCOOP (crystal orbital overlap population)を第一原理計算の結果から計算するポストプロセスツール。VASPおよびABINITに対応する。独自のアカデミックライセンスのもとで提供されている。

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MateriApps LIVE!

公開度: 3 ★★★ ドキュメント充実度: 3 ★★★ OS、エディタ、計算物質科学アプリケーション、可視化ツールなどをおさめた Debian Live Linux システム。物質科学シミュレーションに必要な環境がひとつのパッケージとして提供されている。仮想マシン VirtualBox 上で起動することで、第一原理計算、分子動力学、量子化学計算、格子模型計算などのシミュレーションをすぐに始めることができる。

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